Гідроциклон використовують на біогазових станціях для очищення субстрату від сторонніх твердих включень: піску, ґрунту, мінерального осаду. Сировина вводиться у верхню частину гідроциклону в тангенціальному напрямку та піддається високому відцентровому прискоренню. Під впливом цього прискорення забруднення потрапляють на стінку розділового конуса, звідки вони потрапляють у грязеуловлювач через проміжну трубу, після чого чистий субстрат виходить із головної частини сепаратора в осьовому напрямку. Також спіральний рух суспензії створює зону розрідження, яка захоплює очищену частину внутрішнього потоку та виводить його далі на технологічні потреби. У брудоуловлювачі передбачені два оглядові вікна для контролю процесу опускання. Тяжкі забруднювачі видаляються шляхом додавання води до зворотного потоку в грязеуловлювач. Висока адаптованість до будь-якого рівня забруднення в субстраті досягається за рахунок регулювання циклів засувок та брудоуловлювача.